Создаем файл с содержимым:
# !/bin/sh
find $1 -type f -name '*' -o -name '*' | while read i
do
echo $i
iconv -f $2 -t $3 "$i" > tmp
mv -f tmp "$i"
done
Сохраняем и добавляем права на запуск:
chmod +x convert.sh
Используем:
convert.sh /path/to/folder windows-1251 utf-8