Все дело в том, что в новых версиях убунты идет какая то своя обработка горячих кнопок, так, например в gentoo я таких косяков не замечал.
Решение нашел на просторах интернета. Добрый человек написал перехватчик клавиатуры, который и обрабатывает нужные действия.
Итак, берем архив с гитхаба. Затем идем в папку с java программой и ищем файл vmoptions. На примере phpstorm: в папке bin лежат файлики phpstorm.vmoptions и phpstorm64.vmoptions (для 64 разрядной системы). В файлики дописываем строчки: -javaagent:/path/LinuxJavaFixes/build/LinuxJavaFixes-1.0.0-SNAPSHOT.jar Path заменяем на путь к распакованному архиву с гитхаба. Теперь, при следующем старте программы горячие клавиши заработают как надо
